Les malalties infeccioses han estat tradicionalment el nexe entre la Microbiologia i la Medicina. L'àrea de recerca en Microbiologia i Inflamació consisteix en una aproximació pluridisciplinària a l'estudi de la relació entre bacteris i determinades malalties, a través d'una visió biomèdica realment pluridisciplinari amb la col.laboració estreta de metges i biòlegs.
Inicialment, aquesta àrea de recerca té dos objectius ben diferenciats. D’una banda, l'estudi de les malalties infecciones i de l'aplicació de les modernes tècniques moleculars al coneixement dels bacteris que les causen. Dintre de les principals línies d'investigació, es presta especial atenció a la infecció nosocomial, les resistències bacterianes als antibiòtics i l'impacte de l'ús d'antimicrobians a l'assistència primària sobre l'ecologia microbiana comunitària dels patògens. En particular, s'està centrant l'activitat en l'estudi dels bacteris presents en processos infecciosos respiratoris, més concretament en la utilització de nous marcadors moleculars per traçar amb més precisió la prevalença de patògens com Legionella pneumophila, Streptococcus pneumoniae o Mycobacterium tuberculosis, entre d'atres.

D’altra banda, l’interès de l'àrea se centra en el paper dels microorganismes en els processos inflamatoris. Les malalties inflamatòries cròniques i autoimmunes com ara artritis reumatoide, malalties inflamatòries intestinals, diabetis mellitus o esclerosi múltiple causen una morbiditat considerable i mortalitat primerenca. Tot i que es coneix bé la patologia d ella majoria d'aquestes malalties, els factors que les desencadenen estan encara per elucidar. En conseqüència, les teràpies estan orientades a les conseqüències d'aquests processos patològics enlloc de les causes primeres. Durant les darreres dècades diverses malalties atribuïdes a diferent orígens van ser identificades com el resultat de processos infecciosos. Per exemple, ara sabem que les úlceres pèptiques són el resultat de la infecció per Helicobacter pylori, algunes formes de càncer són el resultat d'infeccions víriques (virus T-limfotròpic i herpesvirus 8 humans) o bacterianes (H. pylori) o que algunes artritis són el resultat d'infeccions per Borrelia burgdorferii. A més, algunes malalties inflamatòries són desordres postinfecciosos, que inclouen les síndromes post-estreptoccciques, les febres reumàtiques i glomerulonefritis agudes i les artritis associades a HLA-B27. En el nostre Institut, aquesta possible relació entre microorganismes i inflamació s'ha començat a estudiar en el Servei de Gastroenterologia gràcies a un projecte de la Marató de TV3 que té com a objectiu l’anàlisi de la Microbiologia de la Malaltia de Crohn i el possible paper terapèutic dels preparats probiòtics i prebiòtics. També s'està estudiant l'Ecologia Microbiana del còlon en la Malaltia Inflamatòria Intestinal com a projecte de ciència bàsica.

D'acord amb aquests objectius, l'àrea de Microbiologia i Inflamació està organitzada en dos grups d'investigació que són el Grup de Malalties Digestives i Hepatologia i el Grup de Malaties Infeccioses, els quals indiquen un punt de partida i, per tant, estan totalment oberts a la incorporació de científics i han d'anar creixent a mida que més especialitats mèdiques vulguin explorar la participació microbiana en les patologies del seu àmbit.